南京曾有70多个名称，最著名的是“石头城”和“金陵”。这两个别称都与石头山有关。石头山，又名石首山，后来因清凉寺而易名清凉山。

距今约7亿年前，金陵及周边地区是一片浩瀚的海洋，因地质变化，尤其是在“南象运动”后形成了宁镇造山带，石头山由此而产生。

公元前333年，楚威王在石头山建城，设立金陵邑。

公元212年，孙权以石头山西坡的天然峭壁为城基，环山筑造了城墙，取名“石头城”。在城墙上，有一块突出来的岩石，很像一张五官错位、狰狞可怕的人脸，民间称为“鬼脸”，这便是“鬼脸城”名字的来历。

南唐时，第一代君主李昪立国，将兴教寺扩建后更名为“清凉禅院”。第二代君主李璟以皇家寺院的规格新建“清凉院”。第三代君主李煜更为重视，将已经成为皇家寺院的清凉院，改名为“清凉大道场”。

有南唐三代君主的支持、定名，清凉寺声名远播，“清凉”二字更是深入人心，石头山也渐渐改称为清凉山。

清凉山因寺得名，这就是石头山的清凉缘。